Για την ολοκλήρωση των σπουδών απαιτείται η επιτυχής παρακολούθηση 12 από ένα σύνολο 15 προσφερόμενων εξαμηνιαίων μαθημάτων καθώς και εκπόνηση Διπλωματικής Εργασίας. Κατά την διάρκεια των Α΄ και Β΄ εξαμήνων, οι φοιτητές παρακολουθούν οκτώ (8) υποχρεωτικά και τέσσερα (4) επιλογής υποχρεωτικά μαθήματα, ενώ το τελευταίο εξάμηνο διατίθεται για την εκπόνηση της μεταπτυχιακής εργασίας.

Το σύνολο των Ευρωπαϊκών Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτείται για τη λήψη του ΜΔΕ ανέρχεται σε 90. Συγκεκριμένα, ο φοιτητής πρέπει να συγκεντρώσει (α) εξήντα (60) πιστωτικές μονάδες από την επιτυχή παρακολούθηση και αξιολόγηση μαθημάτων του Α΄ και Β΄ εξαμήνου και οι οποίες κατανέμονται ισομερώς στα δύο εξάμηνα σπουδών, και β) τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες από τη συγγραφή Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας. Σε κάθε μεταπτυχιακό μάθημα αντιστοιχούν 5 πιστωτικές μονάδες ΕCTS.

Τα μαθήματα περιλαμβάνουν θεωρητική διδασκαλία, εργαστηριακές ασκήσεις, εκπόνηση και παρουσίαση εργασιών, φροντιστήρια, μελέτες περιπτώσεων, ασκήσεις πράξης, ή οτιδήποτε άλλο κριθεί σκόπιμο από τους διδάσκοντες και εγκριθεί από τη Συνέλευση Τμήματος. Με απόφαση της Συνέλευσης, δύναται μέρος της διδασκαλίας να παρέχεται με μεθόδους εξ αποστάσεως εκπαίδευσης (κυρίως με μέσα ασύγχρονης εκπαίδευσης) σε ποσοστό που δεν υπερβαίνει το 35% του διδακτικού έργου.

Αναλυτικά το πρόγραμμα σπουδών ανά εξάμηνο έχει ως εξής:

Α' Εξάμηνο 

• Μεθοδολογία Έρευνας - Γεωργικός Πειραματισμός (5 ECTS)
• Ειδικά Θέματα Εντομολογίας (5 ECTS)
• Μετασυλλεκτική Φυσιολογία και Τεχνολογία (5 ECTS)
• Θέματα Μοριακής Φυσιολογίας και Βιοτεχνολογίας Φυτών (5 ECTS)

Και δύο από τα παρακάτω 

• Οργάνωση και Διοίκηση Αγροτροφικών Επιχειρήσεων (5 ECTS)
• Μάρκετινγκ Αγροτικών Προϊόντων και Τροφίμων (5 ECTS)
• Ειδικά Θέματα Φυσιολογίας Καλλιεργούμενων Φυτών (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

B' Εξάμηνο 

• Ειδικά Θέματα Φυτοπαθολογίας (5 ECTS)
• Ολιστικές Μέθοδοι Αντιμετώπισης Φυτοπαρασίτων (5 ECTS)
• Οικολογία και Βιοπαρακολούθηση Οικοσυστημάτων (5 ECTS)
• Επιχειρηματική Αξιοποίηση Αγροτικών Υπολειμμάτων (5 ECTS)

Και δύο από τα παρακάτω:

• Επιχειρηματική Παραγωγή και Διαχείριση Πολλαπλασιαστικού Υλικού (5 ECTS) 
• Σύγχρονη Αμπελοοινική Τεχνολογία (5 ECTS)
• Εφαρμογές Βιοτεχνολογίας στην Αγροτική Παραγωγή (5 ECTS)
• Διαχείριση Υδατικών Πόρων (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο 

• Εκπόνηση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Τροποποίηση του προγράμματος μαθημάτων και ανακατανομή μεταξύ των εξαμήνων μπορεί να επέλθει με αποφάσεις οργάνων και με αναφορά στον Κανονισμό Μεταπτυχιακών Σπουδών.

Η διδασκαλία των μαθημάτων γίνεται στην Ελληνική ή στην Αγγλική γλώσσα.