1. Το Π.Μ.Σ. περιλαμβάνει θεωρητική διδασκαλία (60 διδακτικές μονάδες/ECTS), και μεταπτυχιακή διατριβή (30 διδακτικές μονάδες/ECTS), η οποία πραγματοποιείται με μεταπτυχιακή έρευνα σε θεματική ενότητα που επιλέγεται από τον υποψήφιο και εντάσσεται στα επιστημονικά ενδιαφέροντα των διδασκόντων στο Π.Μ.Σ. Η χρονική διάρκεια ανάπτυξης των δραστηριοτήτων αυτών εκτείνεται σε τρία εξάμηνα.

2. Η θεωρητική διδασκαλία καλύπτει τα δύο πρώτα εξάμηνα. Τα μαθήματα είναι εξαμηνιαία και προβλέπονται ώρες διδασκαλίας με μορφή θεωρητικών διαλέξεων και μαθήματα με μορφή σεμιναρίων και εργαστηρίων για την ενίσχυση των βασικών μαθημάτων του προγράμματος σπουδών.

Η διάρθρωση του προγράμματος είναι η ακόλουθη:

A' Εξάμηνο

• Μέθοδοι διαχωρισμού, επεξεργασίας και ανάλυσης φυσικών προϊόντων (8 ΕCTS)
• Μοριακή τοξικολογία (ιοί, μικρόβια, βιοπληροφορική) (7 ΕCTS)
• Περιγραφική και Μηχανιστική Τοξικολογία (7 ΕCTS)
• Χημειοπροφύλαξη και μηχανισμοί (8 ΕCTS)

Σύνολο 30 ΕCTS

Β' Εξάμηνο

• Περιβαλλοντική και διατροφική τοξικολογία (7 ΕCTS)
• Μεταβολισμός ξενοβιοτικών ουσιών, τοξικοκινητική, doping, ιατροδικαστική τοξικολογία (8 ΕCTS)    
• Εκτίμηση και διαχείριση κινδύνου στην τοξικολογία (8 ΕCTS)
• Βιοηθικά ζητήματα στην τοξικολογία (7 ΕCTS)

Σύνολο 30 ΕCTS

Γ' Εξάμηνο

• Μεταπτυχιακή Διατριβή Ειδίκευσης (30 ΕCTS)

Σύνολο 30 ΕCTS

3. Η γλώσσα διδασκαλίας του Π.Μ.Σ είναι η ελληνική ή, εφόσον υπάρχουν ενδιαφερόμενοι, και η αγγλική. Η γλώσσα εκπόνησης διπλωματικής εργασίας είναι η ελληνική, ή εφόσον υπάρξει ενδιαφέρον, δύναται να είναι και η αγγλική.