Η επιτυχής ολοκλήρωση του προγράμματος περιλαμβάνει την παρακολούθηση και εξέταση σε 15 υποχρεωτικά μαθήματα και Κάθε Μεταπτυχιακός Φοιτητής (ΜΦ) είναι υποχρεωμένος να εκπονήσει Διπλωματική Εργασία. Το θέμα της Διπλωματικής Εργασίας θα επιλέγεται κατά τη διάρκεια του 1ου εξαμήνου των μαθημάτων από τον μεταπτυχιακό φοιτητή σε συνεργασία με τον Επιβλέποντα Καθηγητή. Ο Επιβλέπων Καθηγητής θα είναι υπεύθυνος για την παρακολούθηση του έργου του ΜΦ και μαζί με τα άλλα μέλη της Τριμελούς Εξεταστικής Επιτροπής θα εγκρίνουν τη Διπλωματική Εργασία, την οποία ο υποψήφιος θα υποστηρίζει δημόσια.

Η δομή του προγράμματος είναι η ακόλουθη:

1ο ΕΞΑΜΗΝΟ 

• Χειρουργική ανατομία του παχέος εντέρου και της ορθοπρωκτικής χώρας (2 ECTS) 
• Εκκολπωματική νόσος και επιπλοκές της (6 ECTS) 
• Ιδιοπαθείς φλεγμονώδεις εντεροπάθειες (ΙΦΝΕ) (6 ECTS) 
• Καλοήθεις παθήσεις του πρωκτού (αιμορροϊδοπάθεια, ραγάδα, απόστημα, συρίγγιο) (6 ECTS) 
• Πρόπτωση ορθού (3 ECTS) 
• Λειτουργικές διαταραχές του παχέος εντέρου και της ορθοπρωκτικής χώρας (3 ECTS) 
• Επείγουσες καταστάσεις (2 ECTS) 
• Μεθοδολογία της έρευνας (2 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS 

2ο ΕΞΑΜΗΝΟ 

• Σύνδρομα πολυποδίασης Γενετική του καρκίνου του παχέος εντέρου (5 ECTS)  
• Καρκίνος του παχέος εντέρου (10 ECTS)  
• Καρκίνος του ορθού (10 ECTS) 
• Μεταστατική νόσος από κολο-ορθικό καρκίνο (3 ECTS)  
• Εκπαίδευση - εξειδίκευση (2 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS

3ο ΕΞΑΜΗΝΟ 

• Παρακολούθηση επεμβάσεων σε πραγματικό χρόνο (10 ECTS)   
• Εξωμοίωση επεμβάσεων - hands on (10 ECTS)   
• Διατριβή Μεταπτυχιακής Ειδίκευσης (10 ECTS)   

Σύνολο 30 ECTS

Η γλώσσα διδασκαλίας του Π.Μ.Σ είναι η Ελληνική ή η Αγγλική. Η γλώσσα εκπόνησης διπλωματικής εργασίας είναι η Ελληνική ή η Αγγλική κατ’ επιλογήν.