Η διάρθρωση του προγράμματος είναι η ακόλουθη:

Α' Εξάμηνο 

• Σύγχρονες στρατηγικές και Μέθοδοι αντιμετώπισης εντόμων (5 ECTS)
• Ορθολογική αντιμετώπιση ασθενειών των φυτών (5 ECTS)
• Φυτοπροστατευτικά προϊόντα: Tύχη στο περιβάλλον και στα τρόφιμα, ανάλυση υπολειμμάτων (5 ECTS)
• Διαχείριση ζιζανίων (5 ECTS)
• Μεταπτυχιακή Εργασία (10 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Ειδικά Θέματα Φυτιατρικής (5 ECTS)
• Μεταπτυχιακή Εργασία (15 ECTS)

Και δύο μαθήματα επιλογής:

• Πρωτόκολλα και προγράμματα σύγχρονης φυτοπροστασίας (5 ECTS)
• Αρχές και μέθοδοι διαγνωστικής Ασθενειών των φυτών (5 ECTS)
• Οικολογία εντόμων (5 ECTS)
• Κλιματική αλλαγή, Βιολογικές εισβολές και Φυτοπροστασία (5 ECTS)
• Αντιμετώπιση Εχθρών σε Καλλιέργειες υπό κάλυψη, Περιαστικές περιοχές και Αποθηκευτικούς χώρους (5 ECTS)
• Μέθοδοι Βιοστατιστικής στη Φυτιατρική και το Περιβάλλον (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Η γλώσσα διδασκαλίας του Π.Μ.Σ είναι η Ελληνική. Η γλώσσα εκπόνησης διπλωματικής εργασίας είναι η Ελληνική.