Όλα τα μαθήματα είναι Υποχρεωτικά και ισοδυναμούν με έξι (6) ECTS το καθένα στο πρώτο εξάμηνο και πέντε (5) ECTS το καθένα στο δεύτερο εξάμηνο, ενώ η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία ισοδυναμεί με τριάντα (30) ECTS. Τα μαθήματα δύνανται να περιλαμβάνουν θεωρητική και εργαστηριακή διδασκαλία ή και συνδιδασκαλία. Το Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Σπουδών απονέμεται μετά τη συμπλήρωση εξήντα (60) ECTS. Η δομή του προγράμματος είναι η εξής:

Α' Εξάμηνο 

• Οικοσυστήματα και Θαλάσσιες Προστατευόμενες περιοχές (5 ECTS)
• Βιοποικιλότητα και Απειλούμενα είδη (5 ECTS)
• Βασικές Τεχνολογίες και Εφαρμογές Γονιδιωματικής (5 ECTS)
• Έναρξη Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (15 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Ρύπανση - Προστασία και Διαχείριση Υδατικών Οικοσυστημάτων (5 ECTS)
• Βιώσιμη Εκμετάλλευση και Διαχείριση Θαλάσσιων Βιολογικών Πόρων (5 ECTS)
• Βιολογία της Αναπαραγωγής στην Αλιεία και τις Υδατοκαλλιέργειες (5 ECTS)
• Ολοκλήρωση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (15 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γενικό Σύνολο 60 ECTS 

Η γλώσσα διδασκαλίας του Π.Μ.Σ είναι η Ελληνική με δυνατότητα των διαλέξεων να γίνονται και στα αγγλικά, αν αυτό απαιτηθεί. Η γλώσσα εκπόνησης διπλωματικής εργασίας είναι η Ελληνική ή Αγγλική σε συνεννόηση με τον Επιβλέποντα.