1. Το σύνολο των Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών ανέρχονται σε 60. Για τη λήψη του Δ.Μ.Σ. απαιτείται η παρακολούθηση και η επιτυχής εξέταση σε τουλάχιστον έξι (6) μαθήματα, ή σε τουλάχιστον 5 (πέντε) μαθήματα και η πραγματοποίηση διπλωματικής εργασίας.

2. Το πρόγραμμα των μαθημάτων αποτελείται από Βασικά Μαθήματα καθώς και από Μαθήματα Ελεύθερης Επιλογής. Ο φοιτητής ή η φοιτήτρια υποχρεούται να παρακολουθήσει με επιτυχία τουλάχιστον τέσσερα Βασικά Μαθήματα.

Ενδεικτικά το πρόγραμμα διαμορφώνεται ως εξής:

Α' Εξάμηνο 

• Βασικό Μάθημα (9 ECTS)
• Βασικό Μάθημα (9 ECTS)
• Μάθημα Ελεύθερης Επιλογής (8 ECTS)
• Επικουρικό Διδακτικό Έργο (2 ECTS)
• Σεμινάριο Διδακτικής των Μαθηματικών (2 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο 

• Βασικό Μάθημα (9 ECTS)
• Βασικό Μάθημα (9 ECTS)
• Διπλωματική Εργασία ή Μαθήματα Ελεύθερης Επιλογής (12 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Παρακάτω παρατίθεται κατάλογος των Βασικών Μαθημάτων (Β) και των Ελεύθερων Επιλογών (Ε) για το Π.Μ.Σ. Ο κατάλογος αυτός είναι δυνατόν να τροποποιηθεί με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος. Αναπρο- σαρμόζεται και συγκεκριμενοποιείται ανά Ακαδημαϊκό Έτος με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.

• Ανάλυση (Β)
• Πραγματική Ανάλυση (Ε) 
• Μιγαδική Ανάλυση (Ε) 
• Άλγεβρα (Β)
• Θεωρία Αριθμών (Β)
• Θεωρία Ομάδων και Συμμετρία (Ε) 
• Λογική και Θεωρία Συνόλων (Ε) 
• Γεωμετρία - Ευκλείδεια και μη-Ευκλείδειες (Β)
• Διαφορική Γεωμετρία (Ε) 
• Τοπολογία: Επιφάνειες και Κόμβοι (Ε) 
• Διαφορικές Εξισώσεις (Ε) 
• Μοντελοποίηση (Ε) 
• Πιθανότητες και Στατιστική (Ε) 
• Ιστορία Μαθηματικών μέχρι τον 5ο μ.Χ. αιώνα (Ε) 
• Ιστορία Μαθηματικών μετά τον 6ο μ.Χ. αιώνα (Β)
• Θέματα Μαθηματικών για την Εκπαίδευση (Ε) 
• Διδακτική των Μαθηματικών (Β)
• Διδακτική του Απειροστικού Λογισμού (Β)
• Διδακτική της Αριθμητικής και της Άλγεβρας (Β)
• Διδακτική της Γεωμετρίας (Β)
• Θέματα Διδακτικής των Μαθηματικών (Ε) 
• Γνωστική Ψυχολογία (Β)
• Αναπτυξιακή Ψυχολογία (Ε) 
• Μεθοδολογία Έρευνας στις Επιστήμες της Αγωγής (Ε) 
• Θέματα Επιστημών της Αγωγής (Ε)

Με απόφαση της συνέλευσης του τμήματος, στα μαθήματα Ελεύθερης Επιλογής μπορούν να προστεθούν: (i) μεταπτυχιακά μαθήματα άλλου Π.Μ.Σ. του Πανεπιστημίου Κρήτης, εφ’ όσον αυτό έχει συναφές ή και συμπληρωματικό περιεχόμενο ανάλογων μαθημάτων του παρόντος Π.Μ.Σ., (ii) μεταπτυχιακά μαθήματα προσφερόμενα από Πανεπιστήμιο του εσωτερικού ή της αλλοδαπής, στο οποίο μετακινείται ο μεταπτυχιακός φοιτητής στο πλαίσιο προγράμματος μορφωτικών ανταλλαγών (π.χ. Erasmus), (iii) μαθήματα μεταπτυχιακού επιπέδου, τα οποία μπορεί να παρακολουθήσει ο μεταπτυχιακός φοιτητής στα πλαίσια ενός σχολείου ή μιας σειράς διαλέξεων, για τα οποία απονέμονται ECTS.