Το πρόγραμμα σπουδών περιλαμβάνει υποχρεωτικά μαθήματα, μαθήματα κατ’ επιλογήν υποχρεωτικά και μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία. Για την απόκτηση του ΔΜΣ απαιτείται η συμπλήρωση 90 πιστωτικών μονάδων οι οποίες προ κύπτουν από την παρακολούθηση και την επιτυχή εξέ ταση των μαθημάτων, και την εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας.

Τα μαθήματα, η διδακτική και ερευνητική απασχόληση, οι πρακτικές ασκήσεις, οι εργασίες και κάθε άλλου είδους εκπαιδευτικές και ερευνητικές δραστηριότητες, η επιτυχής παρακολούθηση των οποίων αποτελεί προϋπόθεση για την απονομή του τίτλου, ορίζονται ως εξής:

Α' Εξάμηνο

• Στατιστική Φυσική (7,5 ECTS)
• Κβαντική θεωρία της ύλης (7,5 ECTS)
• Διεργασίες κατασκευής μικρο- και νανο συστημάτων (7,5 ECTS)
• Φυσική Ημιαγωγικών Υλικών και Διατάξεων ( 7,5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο (Επιλογή πέντε (5) μαθημάτων από τα παρακάτω

• Εργαστηριακές Τεχνικές για Νανοϋλικά  (6 ECTS)
• Νανοηλεκτρονικές Διατάξεις (6 ECTS)
• Μικρο-νανο Αισθητήρες (6 ECTS)
• Ανάπτυξη και Χαρακτηρισμός Νανοδομών (6 ECTS)
• Βιονανοτεχνολογία για Αίσθηση και Οπτική Απεικόνιση (6 ECTS)
• Σχεδιασμός Ολοκληρωμένων Κυκλωμάτων (6 ECTS)
• Κβαντικοί Υπολογιστές (6 ECTS)
• Προσομοίωση και Μικρο- και Μακρο-σκοπικό επίπεδο (6 ECTS)
• Οπτικές και Μικρο-Οπτικές διατάξεις (6 ECTS)
• Μικρο-ρευστομηχανικά Συστήματα (6 ECTS)
• Οργανικά Νανο-Υλικά (6 ECTS)
• Εισαγωγή στον Μαγνητισμό και τα Μαγνητικά Υλικά (6 ECTS)
• Ειδικά κεφάλαια Νανοτεχνολογίας (6 ECTS)
• Μηχανική και Δυναμική Μικροσυστημάτων (6 ECTS)
• Μικρομηχανικά και Μικρορομποτικά Συστήματα (6 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS

Γ' Εξάμηνο

• ΕΚΠΟΝΗΣΗ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΗΣ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Η εκπαιδευτική διαδικασία του ΔΠΜΣ «Μικροσυστήματα και Νανοδιατάξεις» πραγματοποιείται κυρίως δια ζώσης ή και με μεθόδους σύγχρονης εξ αποστάσεως εκπαίδευσης εν όλω ή εν μέρει. Παρέχεται επίσης η δυνατότητα μερικής φοίτησης.