Για το Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης, οι φοιτητές υποχρεούνται να παρακολουθήσουν τα παρακάτω μαθήματα και σειρά σεμιναρίων από ειδικούς που προέρχονται από το χώρο της βιομηχανίας ή άλλων εκπαιδευτικών ιδρυμάτων του Δημόσιου Τομέα. Η επιλογή των ανωτέρω θα γίνει σύμφωνα με τις διατάξεις του ν. 4485/2017. Πέραν τούτων ο μεταπτυχιακός φοιτητής υποχρεούται σε δίμηνη πρακτική άσκηση σε επιχειρήσεις τροφίμων ή συμβούλων ή φορείς πιστοποίησης ή σε εργαστήρια.

Το σύνολο των Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. ανέρχονται σε ενενήντα (90). Το πρόγραμμα των μαθημάτων διαμορφώνεται κατά κατεύθυνση ως εξής:

I) Κατεύθυνση «Γαλακτοκομία»

Το πρώτο εξάμηνο περιλαμβάνει την παρακολούθηση πέντε (5) μαθημάτων, από τα παρακάτω, τα οποία η Συντονιστική Επιτροπή επιλέγει για τους μεταπτυχιακούς φοιτητές ανάλογα με τις προπτυχιακές σπουδές τους, και την παρακολούθηση των Σεμιναρίων, τα οποία συνολικά αντιστοιχούν σε τριάντα (30) ECTS. Το δεύτερο εξάμηνο περιλαμβάνει την παρακολούθηση έξι (6) υποχρεωτικών μαθημάτων της κατεύθυνσης και των Σεμιναρίων, τα οποία συνολικά αντιστοιχούν σε τριάντα (30) ECTS.

Α' Εξάμηνο

• Σχεδίαση και ανάλυση πειραμάτων (4 ECTS)
• Χημεία τροφίμων (6 ECTS)
• Βιοχημεία τροφίμων (6 ECTS)
• Μικροβιολογία τροφίμων και εφαρμοσμένη μικροβιολογία (6 ECTS)
• Μηχανική τροφίμων (6 ECTS)
• Νομοθεσία τροφίμων και συστήματα διαχείριση ασφάλειας τροφίμων (HACCP) (6 ECTS)
• Οργάνωση και διοίκηση επιχειρήσεων τροφίμων (6 ECTS)
• Βιοπολυμερή (ή υδροκολλοειδή) τροφίμων (6 ECTS)
• Χημεία, βιοχημεία και ανάλυση γάλακτος (6 ECTS)
• Μικροβιολογία γάλακτος και των προϊόντων του (6 ECTS)
• Διαχείριση παραγωγής γάλακτος (3 ECTS)
• Φυσικές ιδιότητες τροφίμων (3 ECTS)
• Σεμινάρια (2 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο

• Τεχνολογία γαλακτοκομικών προϊόντων (7 ECTS)  (Υ)
• Ειδική τυροκομία (7 ECTS)  (Υ)
• Κανονισμοί και έλεγχος γαλακτοκομικών προϊόντων (4 ECTS)  (Υ)
• Σχεδιασμός γραμμών παραγωγής - Τεχνο-οικονομικές μελέτες (4 ECTS)  (Υ)
• Οργανοληπτικός έλεγχος γαλακτοκομικών προϊόντων (Υ)  (2 ECTS)
• Σεμινάρια (Υ) (2 ECTS)
• Οικονομική των Επιχειρήσεων Τροφίμων (5 ECTS) (Ε)
• Ανάπτυξη γαλακτοκομικών προϊόντων (4 ECTS) (Ε)
• Διαχείριση αποβλήτων βιομηχανιών τροφίμων (4 ECTS) (Ε)

Σύνολο 30 ECTS

Γ΄ Εξάμηνο

Στο Γ΄ Εξάμηνο σπουδών εντάσσονται η Πρακτική Άσκηση (4 ECTS), η παρακολούθηση Σεμιναρίων (2 ECTS) και η εκπόνηση και συγγραφή της Μεταπτυχιακής Ερευνητικής Μελέτης (24 ECTS), τα οποία συνολικά αντιστοιχούν σε τριάντα (30) ECTS.