Η κάθε Σχολή του Πανεπιστημίου έχει ορίσει ξεχωριστά κριτήρια εισδοχής  και επιλογής φοιτητών. Ωστόσο, η επιτυχής ολοκλήρωση προπτυχιακών σπουδών σε αναγνωρισμένο πανεπιστήμιο αποτελεί για όλες τις Σχολές του πανεπιστήμιου, βασική προϋπόθεση για εισδοχή σε μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών. Η τελευταία ημερομηνία υποβολής αιτήσεων για το Φθινοπωρινό τετράμηνο είναι η δεύτερη Παρασκευή του Σεπτέμβρη και για το Εαρινό, η δεύτερη Παρασκευή του Ιανουαρίου. Σε περίπτωση όμως αυξημένης ζήτησης, οι θέσεις δύνανται να συμπληρωθούν πριν την καταληκτική ημερομηνία.

Για αίτηση εισδοχής σε μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών, οι υποψήφιοι θα πρέπει να προσκομίσουν τα ακόλουθα:

1. Συμπληρωμένη Αίτηση Εισδοχής μαζί με το μη επιστρεπτέο τέλος εισδοχής. Οι υποψήφιοι μπορούν να συμπληρώσουν την ηλεκτρονική αίτηση εισδοχής εδώ ή να προμηθευτούν αντίγραφο της αίτησης εισδοχής από το Γραφείο Εισδοχής του Ευρωπαϊκού Πανεπιστημίου Κύπρου, Διογένους 6, 2404 Έγκωμη, Λευκωσία.
2. Επίσημο Αντίγραφο Πτυχίου από Αναγνωρισμένο Πανεπιστήμιο ή βεβαίωση αποφοίτησης.
3. Επίσημο Αντίγραφο Αναλυτικής Βαθμολογίας
4. Απολυτήριο Μέσης Εκπαίδευσης (Λυκείου, Τεχνικής Σχολής, Ιδιωτικής Σχολής) ή άλλο ισότιμο προσόν (επίσημο ή επικυρωμένο)
5. Βιογραφικό Σημείωμα (CV)
6. Συστατική Επιστολή
7. Πιστοποιητικά για το επίπεδο γνώσης Αγγλικής Γλώσσας (εάν υπάρχουν)
8. Μια φωτογραφία διαστάσεων διαβατηρίου/ταυτότητας.
9. Τέλος Εισδοχής. Η Αίτηση Εισδοχής πρέπει να συνοδεύεται με το τέλος εισδοχής €52.
10. Οποιαδήποτε άλλα στοιχεία, τα οποία ο υποψήφιος φοιτητής θεωρεί ότι στηρίζουν την αίτηση του, όπως βραβεία, ακαδημαϊκές διακρίσεις, άλλα ειδικά προσόντα και γνώσεις.
11. Για εισαγωγή σε ορισμένα μεταπτυχιακά προγράμματα απαιτείται προφορική συνέντευξη με τους υποψήφιους