Το Πρόγραμμα Σπουδών περιλαμβάνει στα δύο πρώτα εξάμηνα 4 υποχρεωτικά μαθήματα (ΥΜ), τα οποία αντιστοιχούν σε 25 ECTS συνολικά και ένα μάθημα επιλογής (5 ECTS) από τρία προσφερόμενα μαθήματα, που οι φοιτητές οφείλουν να επιλέξουν από συγκεκριμένο κατάλογο για κάθε εξάμηνο. Στο τρίτο εξάμηνο περιλαμβάνονται τρία υποχρεωτικά μαθήματα 20 ECTS και δύο μαθήματα επιλογής (10 ECTS). Στο τέταρτο εξάμηνο πραγματοποιείται υποχρεωτική μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία (30 ECTS).

Η κατανομή των μαθημάτων σε εξάμηνα, η διάκρισή τους σε υποχρεωτικά και επιλογής και η αντιστοίχισή τους σε ΠΜ ECTS έχουν ως εξής:

Α' Εξάμηνο 

Α. Υποχρεωτικά μαθήματα

• Εισαγωγή στην Ειδική Αγωγή (7,5 ECTS)
• ΤΠΕ και Ειδική Αγωγή (7,5 ECTS)
• Πρακτική Άσκηση Ι (5 ECTS)
• Μεθοδολογία επιστημονικής έρευνας Ι - Συγγραφή επιστημονικής εργασίας (5 ECTS)

Β. Τρία Μαθήματα επιλογής από τα οποία επιλέγονται υποχρεωτικά τα δύο

• Ηγεσία και Αξιολόγηση του εκπαιδευτικού έργου στην Ειδική Αγωγή (5 ECTS)
• Θεωρίες μάθησης (με εφαρμογές στην Ε.Α.) (5 ECTS)
• Γλώσσα και Γλωσσική ανάπτυξη (5 ECTS)

Β' Εξάμηνο 

Α. Υποχρεωτικά μαθήματα

• Μαθησιακές Δυσκολίες (7,5 ECTS)
• Αξιολόγηση μαθησιακών δυσκολιών (έντυπα και ηλεκτρονικά εργαλεία αξιολόγησης) (7,5 ECTS)
• Πρακτική Άσκηση II (5 ECTS)
• Μεθοδολογία επιστημονικής έρευνας II και Στατιστική-Πρόγραμμα SPSS (5 ECTS)

Β. Τέσσερα Μαθήματα επιλογής από τα οποία επιλέγονται υποχρεωτικά τα δύο

• Θεσμικό πλαίσιο Ειδικής Αγωγής - Δομές Ειδικής Αγωγής (5 ECTS)
• Γνωστικές και Μεταγνωστικές δεξιότητες (5 ECTS)
• Παθολογία του λόγου (5 ECTS)

Γ' Εξάμηνο 

Α. Υποχρεωτικά μαθήματα

• Παιδαγωγική της ένταξης (5 ECTS)
• Προγράμματα παρέμβασης στην Ειδική Αγωγή (5 ECTS)
• Πρακτική Άσκηση III (10 ECTS)

Β. Τέσσερα Μαθήματα επιλογής από τα οποία επιλέγονται υποχρεωτικά τα δύο

• Αυτισμός (5 ECTS)
• Νοητική Αναπηρία (5 ECTS)
• Προβλήματα συμπεριφοράς- ΔΕΠΥ (5 ECTS)
• Χαρισματικοί μαθητές (5 ECTS)

Δ' Εξάμηνο 

• Υποχρεωτική Μεταπτυχιακή διατριβή (30 ECTS)