Το Π.Μ.Σ. διαρθρώνεται σε τρία (3) εξάμηνα. 

Στο πρώτο (Α’ ) εξάμηνο διδάσκονται τρία (3) υποχρεωτικά μαθήματα, κοινά για όλες τις ειδικεύσεις. Επιπλέον, όσον αφορά την πρώτη (1η) ειδίκευση διδάσκονται δύο (2) μαθήματα επιλογής από τα οποία οι μεταπτυχιακοί φοιτητές επιλέγουν το ένα (1) και όσον αφορά τη δεύτερη (2η) και την τρίτη (3η) ειδίκευση διδάσκονται από ένα (1) Υποχρεωτικό μάθημα σε κάθε ειδίκευση αντιστοίχως. 

Στο δεύτερο (Β’ ) εξάμηνο διδάσκονται οκτώ (8) μαθήματα. Στην πρώτη (1η) ειδίκευση διδάσκονται τέσσερα (4) μαθήματα επιλογής από τα οποία οι μεταπτυχιακοί φοιτητές επιλέγουν τα τρία (3). Στη δεύτερη (2η) ειδίκευση και στην τρίτη (3η) ειδίκευση διδάσκονται δύο (2) υποχρεωτικά μαθήματα αντιστοίχως. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές της δεύτερης (2ης) και της τρίτης (3ης) ειδίκευσης μπορούν να επιλέξουν και ένα μάθημα άλλης ειδίκευσης του Π.Μ.Σ.

Στο τρίτο (Γ’ ) εξάμηνο εκπονείται Μ.Δ.Ε., η οποία αντιστοιχεί σε τριάντα (30) ΕCTS. 

Η εκπαιδευτική διαδικασία πραγματοποιείται διά ζώσης.

Για την απονομή του Δ.Μ.Σ. απαιτείται η συγκέντρωση ενενήντα (90) ECTS.

Η επίσημη γλώσσα διεξαγωγής του Π.Μ.Σ. είναι η ελληνική. Η γλώσσα εκπόνησης της Μ.Δ.Ε. μπορεί να είναι η ελληνική ή η αγγλική κατόπιν αιτιολογημένης απόφασης της Συνέλευσης του Τμήματος.

A’ εξάμηνο [Σύνολο ECTS τριάντα (30)]

[Τρία (3) υποχρεωτικά μαθήματα κοινά και για τις τρεις (3) ειδικεύσεις. Στην 1η ειδίκευση από τα επιλογής μαθήματα, οι φοιτητές επιλέγουν ένα. Στην 2η και 3η ειδίκευση τα μαθήματα είναι υποχρεωτικά]

Μαθήματα Υποχρεωτικά, κοινά για όλες τις ειδικεύσεις

• Bασικοί Σταθμοί της Ιστορίας, της Αρχαιολογίας και της Τέχνης του Αγίου Όρους (7.5 ECTS)
• Θεολογία και Πνευματική Ζωή του Αγίου Όρους (7.5 ECTS)
• Μεθοδολογία Έρευνας και Συγγραφής Μεταπτυχιακών Διπλωματικών Εργασιών (7.5 ECTS)

Μαθήματα ανά ειδίκευση

1Η ΕΙΔΙΚΕΥΣΗ: ΙΣΤΟΡΙΑ ΚΑΙ ΤΕΧΝΗ ΤΟΥ ΑΓΙΟΥ ΟΡΟΥΣ

• Χειρόγραφα και έντυπα των Βιβλιοθηκών του Αγίου Όρους (7.5 ECTS)
• Ο καθημερινός βίος στο Άγιο Όρος κατά τη βυζαντινή και μεταβυζαντινή περίοδο (7.5 ECTS)

2Η ΕΙΔΙΚΕΥΣΗ: ΘΕΟΛΟΓΙΑ ΚΑΙ ΠΝΕΥΜΑΤΙΚΗ ΖΩΗ ΤΟΥ ΑΓΙΟΥ ΟΡΟΥΣ

• Η αγιολογική και υμνογραφική παράδοση του Αγίου Όρους (7.5 ECTS)

3Η ΕΙΔΙΚΕΥΣΗ: ΜΟΥΣΙΚΗ ΠΑΡΑΔΟΣΗ ΚΑΙ ΨΑΛΤΙΚΗ ΤΕΧΝΗ ΤΟΥ ΑΓΙΟΥ OΡΟΥΣ

• Η ψαλτική παράδοση στο Άγιο Όρος κατά τη βυζαντινή και μεταβυζαντινή περίοδο (7.5 ECTS)

Β’ εξάμηνο [Σύνολο ECTS τριάντα (30)]

[Για την 1η ειδίκευση οι φοιτητές επιλέγουν τρία (3) από τα μαθήματα επιλογής της ειδίκευσης. Για την 2η και την 3η ειδίκευση οι φοιτητές παρακολουθούν τα δύο υποχρεωτικά μαθήματα της ειδίκευσης και επιλέγουν τρίτο μάθημα από άλλη ειδίκευση]

1Η ΕΙΔΙΚΕΥΣΗ: ΙΣΤΟΡΙΑ ΚΑΙ ΤΕΧΝΗ ΤΟΥ ΑΓΙΟΥ ΟΡΟΥΣ

• Πηγές της Ιστορίας του Αγίου Όρους (10 ECTS)
• Ο Αθωνικός χώρος και οι κτήσεις των Αγιορειτικών Μονών 10 ECTS)
• Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή Ζωγραφική στο Άγιο Όρος: Μνημειακά σύνολα και εικόνες (10 ECTS)
• Η νεότερη τέχνη στη χερσόνησο του Άθω (18ος-20ός αι.) (10 ECTS)

2Η ΕΙΔΙΚΕΥΣΗ: ΘΕΟΛΟΓΙΑ ΚΑΙ ΠΝΕΥΜΑΤΙΚΗ ΖΩΗ ΤΟΥ ΑΓΙΟΥ ΟΡΟΥΣ

• Ζητήματα μοναστικής θεολογίας και πνευματικότητας του Αγίου Όρους από την ίδρυσή του μέχρι σήμερα (10 ECTS)
• Η Λειτουργική Παράδοση και ζωή στο Άγιο Όρος: Θεωρία και πράξη (Τυπικά, Διατάξεις, Συλλογές, Χειρόγραφα) (10 ECTS)
• Μάθημα άλλης ειδίκευσης (10 ECTS)

3Η ΕΙΔΙΚΕΥΣΗ: ΜΟΥΣΙΚΗ ΠΑΡΑΔΟΣΗ ΚΑΙ ΨΑΛΤΙΚΗ ΤΕΧΝΗ ΤΟΥ ΑΓΙΟΥ OΡΟΥΣ

• Αγιορείτες Μελουργοί και Μαΐστορες του αγιορειτικού μέλους (10 ECTS)
• Τα Μουσικά Χειρόγραφα του Αγίου Όρους (10 ECTS)
• Μάθημα άλλης ειδίκευσης (10 ECTS)

Γ΄ εξάμηνο [Σύνολο ECTS τριάντα (30)]

• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (30 ECTS)

Η έναρξη και η λήξη των μαθημάτων καθώς και η διάρκεια των εξεταστικών περιόδων καθορίζονται από το ακαδημαϊκό ημερολόγιο ή με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.