Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ) είναι 105. Οι συστηματικές σπουδές αφορούν την υποχρεωτική παρακολούθηση και την εξέταση σε δέκα μαθήματα από τα οποία έξι είναι Υποχρεωτικά (Υ) ενώ τα υπόλοιπα τέσσερα κατ’ επιλογή (Ε). Το αναλυτικό πρόγραμμα μαθημάτων ανά εξάμηνο διαμορφώνεται ως εξής: 

Α' Εξάμηνο

• Βιομετρία (8 ECTS)
• Μοριακή Βελτίωση και Βιοτεχνολογία (8 ECTS)
• Ερευνητική προσέγγιση (7 ECTS)

και ένα από τα παρακάτω:

• Φυτογενετικοί πόροι και πολλαπλασιαστικό υλικό (7 ECTS)
• Εφαρμογές Κυτταρογενετικής στη Βελτίωση των φυτών (7 ECTS)
• Μάθημα από άλλο ΠΜΣ (7 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο

• Κλασσική Βελτίωση και εφαρμοσμένα βελτιωτικά προγράμματα (8 ECTS)
• Παραγωγή, τεχνολογία, διαχείριση και εμπορία σπόρων και πολλαπλασιαστικού υλικού (8 ECTS)

και δύο από τα παρακάτω:

• Βιοδιαγνωστικές μέθοδοι και ολιστικές (-omics) τεχνολογίες (7 ECTS)
• Μάθημα από άλλο ΠΜΣ (7 ECTS)
• Μάθημα από άλλο ΠΜΣ (7 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

ΘΕΡΙΝΗ ΠΕΡΙΟΔΟΣ

• Εκπόνηση Ερευνητικής Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (15 ECTS)

Σύνολο 15 ECTS

Γ' Εξάμηνο 

• Ποσοτική και πληθυσμιακή γενετική ανάλυση με χρήση μοριακών δεδομένων (8 ECTS)
• Εκπόνηση Ερευνητικής Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (15 ECTS)

και ένα από τα παρακάτω:

• Βελτίωση για αντοχή στις καταπονήσεις (7 ECTS)
• Βιοπληροφορική επεξεργασία δεδομένων μεγάλης κλίμακας από φαινοτυπική και γενοτυπική ανάλυση (7 ECTS)
• Μάθημα από άλλο ΠΜΣ (7 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γενικό Σύνολο ECTS 105

Γλώσσα διδασκαλίας και εκπόνησης της ερευνητικής μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας είναι η ελληνική και η Αγγλική (μπορούν να δίνονται διαλέξεις στην αγγλική γλώσσα στα πλαίσια συμμετοχής του ΠΜΣ στα προγράμματα ανταλλαγών της Ε.Ε. -Erasmus κ.λπ.).