Έχει εγκριθεί και έχει πιστοποιηθεί από τον Φορέα ΔΙΠΑΕ, στις 15.04.2024, το δεύτερο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών (ΜΠΣ), το οποίο προσφέρει η Θεολογική Σχολή Εκκλησίας Κύπρου με τίτλο: «Ορθόδοξη Θεολογία στην Ανατολική Μεσόγειο (1.5 έτος/90 ECTS, Μάστερ)». Το νέο ΜΠΣ είναι ακαδημαϊκό, συμβατικό ΜΠΣ και προσφέρεται από τον Σεπτέμβριο του 2024 στην έδρα της Θ.Σ.Ε.Κ. στη Λευκωσία. Κατά τον χρόνο της πιστοποίησής του, αποτελεί το μόνο, πιστοποιημένο από τον Φορέα ΔΙΠΑΕ, ΜΠΣ Θεολογίας που προσφέρεται στην Κύπρο!