Το πρόγραμμα σπουδών εκτείνεται σε 2 ακαδημαϊκά έτη και αποτελείται από τέσσερα σπουδαστικά εξάμηνα εκπαίδευσης που περιλαμβάνουν:

Α΄ Εξάμηνο 

• Στατιστική-Γεωργικός Πειραματισμός (7,5 ECTS)
• Αναπαραγωγική διαδικασία των φυτών (7,5 ECTS)
• Καινοτόμος καταπολέμηση των βιοτικών εχθρών των καλλιεργούμενων φυτών (7,5 ECTS)
• Θέματα προχωρημένης Γενετικής (7,5 ECTS)

Σύνολο: 30 

Β΄ Εξάμηνο 

• Σύγχρονες τάσεις δημιουργίας νέου γενετικού υλικού (7,5 ECTS)
• Στοιχεία προχωρημένης Φυσιολογίας φυτών (7,5 ECTS)
• Ειδικά θέματα σποροπαραγωγής (6 ECTS)
• Σύγχρονες εφαρμογές στην τεχνολογία και παραγωγή Π.Υ. ανθοκομικών και κηπευτικών (6 ECTS)
• Μελέτη περίπτωσης (case study) Μελέτη πεδίου (field study)  (3 ECTS)

Σύνολο:  30 

Γ΄ Εξάμηνο 

• Αναγνώριση, πιστοποίηση, ταυτοποίηση, προστασία και διατήρηση του γενετικού υλικού.  (6 ECTS)
• Αγενής παραγωγή Π.Y. in-vivo και in-vitro.  (7,5 ECTS)
• Εμπορία και διακίνηση του φυτικού Π.Y. -συστήματα ποιότητας (6 ECTS)
• Φαινοτυπική ταυτοποίηση (phenotyping)  (6 ECTS)
• Μελέτη περίπτωσης (case study)- Μελέτη πεδίου (field study) (4,5 ECTS)

Σύνολο: 30 

Δ΄ Εξάμηνο 

• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (30 ECTS)

Σύνολο: 30 

Το Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (ΜΔΕ) απονέμεται μετά την συμπλήρωση 120 πιστωτικών μονάδων.