Τα μαθήματα, η διδακτική και ερευνητική απασχόληση, οι πρακτικές ασκήσεις και οι κάθε άλλου είδους εκπαιδευτικές και ερευνητικές δραστηριότητες για την απονομή του Μ.Δ.Ε. ορίζονται ως εξής:
α) Υποχρεωτική παρακολούθηση οκτώ (8) μαθημάτων,επτάμιση (7,5) πιστωτικών μονάδων (ECTS) έκαστο (Σύνολο πιστωτικών μονάδων: 60). Από τα μαθήματα αυτά, επτά (7) είναι υποχρεωτικά και ένα (1) είναι επιλογής,
β) Επιτυχή εξέταση στα οκτώ (8) εξαμηνιαία μαθήματα.
γ) Εκπόνηση Διπλωματικής Εργασίας τριάντα (30) πιστωτικών μονάδων (Σύνολο διδακτικών πιστωτικών μονάδων προγράμματος ΜΔΕ: 90)

Αναλυτικά η δομή του προγράμματος μαθημάτων του Π.Μ.Σ. και η κατανομή τους ανά εξάμηνο, παρουσιάζονται παρακάτω:

Α΄ Εξάμηνο

• Βασικές Οικονομικές Αρχές και Δημόσιοι Οργανισμοί και Επιχειρήσεις (7,5 ECTS)
• Οργάνωση και Διοίκηση των Δημοσίων Επιχειρήσεων και Οργανισμών (7,5 ECTS)
• Δημόσια Οικονομική (7,5 ECTS)
• Χρηματοοικονομική και Διοικητική Λογιστική των Δημοσίων Επιχειρήσεων και Οργανισμών (7,5 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS

B΄ Εξάμηνο

• Στρατηγικός και Επιχειρησιακός Σχεδιασμός των Δημοσίων Επιχειρήσεων και Οργανισμών (7,5 ECTS)
• Ποσοτικές Μέθοδοι στη Λήψη Επιχειρηματικών Αποφάσεων (7,5 ECTS)
• Περιφερειακή - Τοπική Ανάπτυξη και Δημόσιοι Οργανισμοί και επιχειρήσεις (7,5 ECTS)

και ένα από τα παρακάτω

• Επιχειρηματικότητα και Δημόσιες Επιχειρήσεις (7,5 ECTS)
• Πληροφοριακά Συστήματα Διοίκησης (7,5 ECTS)
• Μάρκετινγκ Δημόσιων Επιχειρήσεων και Οργανισμών (7,5 ECTS)
• Διοικητικό και Ευρωπαϊκό Δίκαιο (7,5 ECTS)
• Διοίκηση και Αξιολόγηση Έργων (7,5 ECTS)
• Διοίκηση Ανθρωπίνων Πόρων (7,5 ECTS)
• Δημόσια Λογιστική (7,5 ECTS)
• Οικονομικές πολιτικές της ΕΕ (7,5 ECTS)
• Θεσμοί και Δημόσιος (7,5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γ΄ Εξάμηνο

• Συγγραφή Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Με απόφαση των αρμόδιων οργάνων και αναφορά στον Κανονισμό Μεταπτυχιακών Σπουδών δύναται να επέλθει τροποποίηση στο πρόγραμμα μαθημάτων και ανακατανομή μεταξύ των εξαμήνων.