Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα επιπέδου μάστερ αποτελείται από τρία στοιχεία:

1. Μαθήματα
2. Ανεξάρτητη μελέτη, παρακολούθηση και συμμετοχή στο Colloquium
3. Διπλωματική εργασία

1. Το πρόγραμμα οργανώνεται σε κύκλους μαθημάτων. Κάθε υποψήφιος είναι υποχρεωμένος να παρακολουθήσει επτά μαθήματα, τέσσερα από τα οποία οφείλουν να προέρχονται από δύο διαφορετικούς κύκλους. Τα υπόλοιπα τρία μαθήματα επιλέγονται α) από μαθήματα που ανήκουν σε κύκλους μαθημάτων που έχει ήδη παρακολουθήσει μεταπτυχιακός φοιτητής, β) από μαθήματα από άλλον (ή άλλους) κύκλους μαθημάτων, γ) έως δύο μαθήματα μπορεί να επιλεγούν από μεταπτυχιακά προγράμματα άλλων τμημάτων της Φιλοσοφικής Σχολής. Οι κύκλοι μαθημάτων και τα μαθήματα που θα προσφερθούν έχουν ως ακολούθως:

Κύκλος Α: Ιστορία του Μεσογειακού Χώρου στη Νεότερη και Σύγχρονη Εποχή

• ΙΣΤ 740 Εθνικό Κίνημα, Επαναστάσεις, Αλυτρωτισμός και Μεγαλοϊδεατισμός στην Ευρώπη και τη Μεσογειακή Λεκάνη (19ος-20ός αι.)
• ΙΣΤ 761 Ναυτιλία στη Μεσόγειο - Οι Ναυτικοί Δρόμοι της Μεσογείου
• ΙΣΤ 781 Η Βρετανική Αποικιοκρατία στην Ανατολική Μεσόγειο

Κύκλος Β: Ιστορία της Κύπρου (19ος - 20ός αι.) - Κυπριακές Σπουδές

• ΙΣΤ 742 Πολιτική Ζωή και Συγκρούσεις στην Κυπριακή Δημοκρατία, 1960-1974
• ΙΣΤ 762 Σχέδια Λύσης του Κυπριακού
• ΙΣΤ 763 Κοινωνική και Οικονομική Ιστορία της Κύπρου
• ΙΣΤ 782 Εθνικό Κίνημα και Πολιτικά Κόμματα στην Κύπρο στον 20ό αιώνα
• ΙΣΤ 783 Τύπος, Εκπαίδευση και Πνευματική Κίνηση στην Κύπρο
• ΙΣΤ 784 Κυπριακή Εκκλησία και Ενωτικό Ζήτημα

Κύκλος Γ: Νεότερη και Σύγχρονη Ελληνική και Ευρωπαϊκή Ιστορία

• ΙΣΤ 744 Θερμές Συγκρούσεις στον Ψυχρό Πόλεμο: Ελληνικός Εμφύλιος Πόλεμος, Πόλεμος της Κορέας, Πόλεμος του Βιετνάμ
• ΙΣΤ 740 Εθνικό Κίνημα, Επαναστάσεις, Αλυτρωτισμός και Μεγαλοϊδεατισμός στην Ευρώπη και τη Μεσογειακή Λεκάνη (19ος-20ός αι.)
• ΙΣΤ 785 Αυταρχικά Καθεστώτα στην Ελλάδα στη Διάρκεια του 20ού αι.

2. Στο πλαίσιο του προγράμματος λειτουργεί κύκλος επιστημονικών συναντήσεων (Colloquium). Στις συναντήσεις αυτές συμμετέχουν μεταπτυχιακοί φοιτητές, υποψήφιοι διδάκτορες, διδάσκοντες στο μεταπτυχιακό πρόγραμμα και προσκεκλημένοι του Τμήματος, που παρουσιάζουν εργασίες τους.

Οι φοιτητές είναι υποχρεωμένοι, στο πρώτο εξάμηνο των σπουδών τους, να εκπονήσουν Ανεξάρτητη Μελέτη (βαθμολογείται με Επιτυχία/Αποτυχία) και να συμμετέχουν στο Colloquium. Η παρουσίαση της Ανεξάρτητης Μελέτης μπορεί να γίνει είτε στο εξάμηνο αυτό είτε στο επόμενο (μαζί με την παρουσίαση της ερευνητικής πρότασης).

Στο δεύτερο εξάμηνο των σπουδών τους, όλοι οι μεταπτυχιακοί φοιτητές παρουσιάζουν την ερευνητική πρόταση της διπλωματικής εργασίας τους στο Colloquium. 

3. Στο τρίτο εξάμηνο σπουδών, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές παρακολουθούν ένα μάθημα και ξεκινούν την εκπόνηση της διπλωματικής τους εργασίας. Η διπλωματική εργασία είναι έκτασης περίπου 15.000 λέξεων.

Στο τέταρτο εξάμηνο σπουδών, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές συνεχίζουν και ολοκληρώνουν τη διπλωματική τους εργασία.