Κατά την έναρξη και το Α’ εξάμηνο σπουδών υπάρχει ιδιαίτερη πρόβλεψη για τους φοιτητές που προέρχονται από άλλους επιστημονικούς κλάδους ή αισθάνονται αδύναμοι να παρακολουθήσουν προ-εκπαιδευτικές εντατικές δραστηριότητες και σειρές σεμιναρίων σχετικά με τις δεξιότητες έρευνας για τους κλασικούς φιλολόγους και ιστορικούς, ώστε να μπορούν να παρακολουθήσουν απρόσκοπτα τα μαθήματα χωρίς να χρειάζεται να καλύψουν μόνοι τους βασικά ερευνητικά κενά.

Κατά το Β’ και Γ’ εξάμηνο δίνεται ιδιαίτερη προσοχή στις δεξιότητες παρουσίασης, καθώς οι φοιτητές παρουσιάζουν τις δικές τους εργασίες. Αν και προβλέπονται πολλά μαθήματα, σεμινάρια και διαλέξεις και από επισκέπτες ομιλητές, το μεγαλύτερο μέρος του χρόνου τους αφιερώνεται για αυτό-κατευθυνόμενη μελέτη.

Μετά το πέρας των υποχρεωτικών μαθημάτων, διαλέξεων και σεμιναρίων, οι φοιτητές αναλαμβάνουν την τελική μεταπτυχιακή τους εργασία από αυτά που προτείνει ο επιβλέπων μέσα από τα θεματικά πεδία που συνάπτονται με την Παπυρολογία, την Παλαιογραφία και την Επιγραφική.

Για την απόκτηση Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών απαιτούνται συνολικά 120 πιστωτικές μονάδες (ECTS). Οι πιστωτικές μονάδες του κάθε μαθήματος είναι 10, ενώ της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας (Μ.Δ.Ε.) είναι 30. Κάθε ECTS αντιστοιχεί σε 25 ώρες φόρτου εργασίας.

Α’ Εξάμηνο (30 ECTS)

• Παπυρολογία Ι: Εισαγωγή στην Παπυρολογία
• Παλαιογραφία Ι: Εισαγωγή στην Παλαιογραφία των φορέων γραφής από τις απαρχές έως την ύστερη αρχαιότητα
• Επιγραφική Ι: Εισαγωγή στην Επιγραφική με έμφαση στις λογοτεχνικές επιγραφές 

Β’ Εξάμηνο (30 ECTS)

• Παπυρολογία ΙΙ: Τα είδη των κειμένων που διασώζονται σε παπύρους και συναφείς φορείς γραφής
• Παλαιογραφία ΙΙ: Η Παλαιογραφία των παπύρων και των συναφών φορέων γραφής
• Επιγραφική ΙΙ: Λογοτεχνικές Επιγραφές 

Γ’ Εξάμηνο (30 ECTS)

• Παπυρολογία ΙΙΙ: Εξειδικευμένα ζητήματα
• Παλαιογραφία ΙΙΙ: Εξειδικευμένα ζητήματα
• Επιγραφική ΙΙΙ: Εξειδικευμένα ζητήματα

Δ’ Εξάμηνο (30 ECTS)

• Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας

Η χρονική διάρκεια φοίτησης στο Δ.Π.Μ.Σ. ορίζεται σε τέσσερα (4) ακαδημαϊκά εξάμηνα για το πρόγραμμα πλήρους φοίτησης, και έως μέγιστο τα οκτώ (8) εξάμηνα για το πρόγραμμα μερικής φοίτησης. Στη διάρκεια αυτή περιλαμβάνεται και ο χρόνος εκπόνησης της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας.