Το Π.Μ.Σ διαρθρώνεται σε τρία (3) εξάμηνα. Όλα τα μαθήματα στο Π.Μ.Σ. είναι υποχρεωτικά.

Στο Α΄ εξάμηνο διδάσκονται πέντε (5) μαθήματα που αντιστοιχούν σε τριάντα (30) ΕCTS. Στο Β’ εξάμηνο διδάσκονται έξι (6) μαθήματα που αντιστοιχούν επίσης σε τριάντα (30) ΕCTS. Στο Γ’ εξάμηνο εκπονείται Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία που αντιστοιχεί σε είκοσι πέντε (25) ΕCTS και περιλαμβάνεται και «Εργαστηριακό Μάθημα» στο Γραφείο Καιρού του Αεροδρομίου «Μακεδονία» και στο ΚΕ.Μ.Ε. του ΕΛ.Γ.Α με πέντε (5) ECTS.

Το Π.Μ.Σ. οργανώνει την εκπαιδευτική του διαδικασία ακολουθώντας μεθόδους δια ζώσης εκπαίδευσης σε όλα τα μαθήματα που παρέχει. Σε εξαιρετικές και μόνο περιπτώσεις (π.χ. ασθένεια διδάσκοντος ή διάλεξη από προσκεκλημένο ομιλητή) δίνει τη δυνατότητα στους διδάσκοντες να χρησιμοποιήσουν και να ακολουθήσουν μεθόδους εξ αποστάσεως εκπαίδευσης χωρίς όμως το ποσοστό της σύγχρονης εξ αποστάσεως εκπαίδευσης να ξεπερνά το τριάντα πέντε τοις εκατό (35%) των συνολικών ωρών του εκάστοτε μαθήματος.

Η διδασκαλία των μαθημάτων του Π.Μ.Σ. θα γίνεται στην ελληνική γλώσσα. Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία συγγράφεται στην Ελληνική γλώσσα εκτός αν, μετά από αιτιολογημένη απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος, αποφασισθεί η συγγραφή σε άλλη γλώσσα, με συγκεκριμένες προδιαγραφές σε ότι αφορά στον τρόπο γραφής και την εξωτερική της εμφάνιση.

Κάθε εξάμηνο περιλαμβάνει τουλάχιστον δεκατρείς (13) εβδομάδες διδασκαλίας. Εάν η διδασκαλία ενός μαθήματος διαρκέσει λιγότερο από δέκα (10) εβδομάδες, το μάθημα θεωρείται ότι δε διδάχθηκε και οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται να το παρακολουθήσουν στο αντίστοιχο εξάμηνο της επομένης περιόδου. Σε περίπτωση μερικής φοίτησης, η σειρά επιλογής των μαθημάτων του προγράμματος σπουδών θα προτείνεται από τη Σ.Ε. και θα αποφασίζεται από τη Συνέλευση του Τμήματος.

Τα μαθήματα, η διδακτική, η εργαστηριακή και ερευνητική απασχόληση, η συμμετοχή στο Εργαστηριακό Μάθημα και οι πιστωτικές μονάδες ορίζονται ακολούθως:

Α' Εξάμηνο 

• Συνοπτική και Δυναμική Μετεωρολογία 6 ECTS
• Φυσική της Ατμόσφαιρας 7 ECTS
• Προγραμματισμός στις Ατμοσφαιρικές Επιστήμες 7 ECTS
• Κλιματικές Αλλαγές - Ακραία Καιρικά Φαινόμενα 5 ECTS
• Ατμοσφαιρικό Περιβάλλον 5 ECTS

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Μέθοδοι Στατιστικής Ανάλυσης στις Ατμοσφαιρικές Επιστήμες 6 ECTS
• Αριθμητική Πρόγνωση Καιρού 7 ECTS
• Συνοπτική και Δυναμική Κλιματολογία 4 ECTS
• Δορυφορική Μετεωρολογία και Κλιματολογία 4 ECTS
• Φυσική Κλιματολογία και Κλιματικά Μοντέλα 4 ECTS
• Εφαρμοσμένη Μετεωρολογία και Κλιματολογία 5 ECTS

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο 

• Εργαστηριακό Μάθημα (Γραφείο Καιρού του Αεροδρομίου «Μακεδονία» & ΚΕ.Μ.Ε. του ΕΛ.Γ.Α) 5 ECTS
• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία 25 ECTS

Σύνολο 30 ECTS